stomatolog żagań nfz

Porównując lokalizację pików w różnych warunkach, stwierdziliśmy, że nakładanie się 2 E16.5 ChIP-Seqs miało najwyższy procent pików (89%) umiejscowionych w proksymalnych promotorach (od +2 do ~ 2 kb wokół TSS) i genu. ciał, podczas gdy odpowiednie liczby dla usuwania wosku i eksperymentów IMQ wynosiły odpowiednio 81% i 70% (Figura 6, C = E). W porównaniu z innymi warunkami, piki IMQ GRHL3 częściej występowały w obszarach międzygenowych (28%) i rzadziej w proksymalnych promotorach (19%) (Figura 6E). Wyniki te wskazują, że wiązanie chromatyny GRHL3 jest dynamiczne, a lokalizacja wysoce zależna od stanu funkcjonalnego naskórka. GRHL3 wiąże się z wieloma pokrewnymi motywami, które mają tendencję do nakładania się ze znanymi cechami regulacyjnymi genomu. Analiza piku ChIP-Seq w miejscu wiązania zidentyfikowała wcześniej opisane miejsca wiązania GRHL1 / 3 in vitro z macierzą masy pozycji GRHL3 (PWM) znajdującą się w znacznej części pików w doświadczeniach z zarodkowaniem i usuwaniem wosku (P <0,05; Figura 6F). . Dodatkowo, motywy TAGteam (CAGGTAG i CAGGAG), ostatnio zgłoszone jako motywy wiążące ziarniny w Drosophila (57), zidentyfikowano w znaczącej liczbie pików w doświadczeniach z zarodkowym i woskowym strippingiem (P <0,05; Figura 6F). Nieoczekiwanie, idealne wiązanie miejsca wiążącego GRHL3 (18, 58) znaleziono we względnie małej frakcji pików, a wiele miejsc (GRHL3) z genomem zidentyfikowanych obliczeniowo w całym genomie nie było związanych przez GRHL3 (Suplementowa Figura 8G). Wywołanie motywu De novo zidentyfikowało szereg statystycznie istotnych motywów we wszystkich 3 eksperymentach (nakładanie się ChIP E16.5, usuwanie wosku i IMQ), w tym E2f3, Sp100, Zfx i Foxa1 w szczytach embrionalnych; Cebpa, Irf i Nkx2-1 w pikach usuwania wosku; i Nkx3-1, Smad4 i cJun w pikach IMQ (Tabela dodatkowa 2). Szczególnie zauważalne wzbogacanie miejsc wiązania innych niż GRHL3 obserwowano w pikach IMQ ChIP-Seq. Aby lepiej zrozumieć, co określa, czy GRHL3 wiąże się z jego PWM in vivo, analizowaliśmy miejsca związane z GRHL3 (pik ChIP zawierający GRM PWM) w porównaniu z miejscami GRM w genomie GRHL3 dla różnych cech genomowych, w tym status metylacji DNA w pierwotnych naskórkowych keratynocytach ( 60), ewolucyjną konserwację sekwencji, wyspy CpG, sekwencje powtarzalne i zawartość GC (tabela dodatkowa 3 i pozycja 61). Używając 100 losowych tasowań naszych oryginalnych plików szczytowych z 3 zabiegów i pików wspólnych dla wszystkich terapii (kontrolując wielkość piku i dystrybucję chromosomów), stwierdziliśmy, że zarówno konserwacja sekwencji ewolucyjnych jak i obecność metylacji DNA naskórka wykazała wysoce znaczące wzbogacenie w wiązaniu w porównaniu z nie związanymi miejscami PWM GRHL3 i że najwyższe poziomy ufności wspólne dla różnych eksperymentów wykazały jeszcze większe wzbogacenie tych cech (Figura 6G i Tabela Uzupełniająca 3). Łącznie dane te sugerują, że (a) w warunkach leczenia IMQ, GRHL3 wiąże się z wieloma miejscami genomu, które nie zostały zidentyfikowane jako miejsca wiążące o wysokim powinowactwie w eksperymentach in vitro; (b) chociaż wcześniej zidentyfikowane miejsca wiążące GRHL3 są statystycznie wzbogacone w piki GRHL3, GRHL3 wiąże się z wieloma miejscami w genomie, które nie mają tych cech; (c) wiele miejsc wiążących GRHL3 o wysokim powinowactwie pozostaje wolnych w genomie; (d) GRHL3 może kojarzyć się z chromatyną poprzez rekrutację przez inne czynniki transkrypcyjne; i (e) GRHL3 preferencyjnie wiąże się z miejscami znalezionymi w regionach o zachowaniu sekwencji i metylacji DNA naskórka, co wskazuje na regiony regulatorowe genu. GRHL3 reguluje różne baterie genów w embrionalnym różnicowaniu naskórkowym i regeneracji bariery naskórkowej u dorosłych po urazie [przypisy: olejek z wiesiołka, odma prezna, objawy raka pluc ]