monocyty za wysokie co oznacza

Podobnie, w celu sprawdzenia istotności występowania motywu, PWM dla GRHL3 przeszukiwano we wszystkich pikach przy użyciu HOMER i MotifMap (59) w pikach ChIP-Seq, a także dla 100 losowych tasowań pików, a istotność oceniano stosując punktacja z w. <0,05. Oceniliśmy wiele cech poziomu szczytowego dla istotności. odległość do najbliższego TSS, procent CpG, procent GC, ochrona, nakładanie się metylacji CpG i nakładanie się powtórzeń maski. dla pików zawierających miejsce PWM GRHL3 w porównaniu do miejsc w całym genomie z GRHL3 PWM. Używając odciętego punktu odcięcia w logach dostrojonego do znanego miejsca GRHL3, użyliśmy MotifMap do pierwszego zidentyfikowania wszystkich lokalizacji PWM GRHL3 w genomie (mm9) powyżej odcięcia, rozszerzonego do 300 bp (w przybliżeniu średnia długość piku dla ChIP- Pik Seq). Podobnie, pik ChIP-Seq filtrowano dla tych zawierających co najmniej miejsce GRHL3 powyżej wartości granicznej. Dla każdej cechy poziomu szczytowego przetestowaliśmy różnicę istotności w pikach ChIP-Seq zawierających GRHL3 w porównaniu z tłem genomu za pomocą jednostronnego testu sumy rang Wilcoxona dla cech numerycznych (odległość, procent CpG, procent GC i zachowanie) Dokładny test Fishera na metapię CpG i RepeatMasker zlicza się. Aby przetestować istotność zachodzących na siebie genów między siRNA GRHL3 a ludzką łuszczycą przy szczytach ChIP-Seq GRHL3, przeprowadzono 10 000 prób symulacyjnych. W każdej próbie losowo wybrano 3 zestawy genów składające się z pasujących liczb całkowitych dla każdego odpowiedniego zbioru danych spośród genów, które ulegają ekspresji zarówno w keratynocytach, jak i ludzkiej łuszczycy. Spośród 10 000 przeprowadzonych badań tylko 485 dało 3-kierunkowe zachodzenie ponad 45 genów; w związku z tym symulowana wartość P wynosiła 0,0485 (tj. 485/10 000). Wskaźniki cytokin dla pacjentów z łuszczycą obliczono przy użyciu poprzednio opisanej metody (34). W skrócie, wyniki oceny zostały obliczone przy użyciu 250 genów najsilniej indukowanych przez dane leczenie cytokiną w hodowanych keratynocytach (lub odtworzonym naskórku). Aby zidentyfikować te 250 genów, najpierw zidentyfikowaliśmy 375 genów najsilniej indukowanych przez leczenie cytokinami na podstawie wartości P uzyskanych przez testowanie różnicowej ekspresji (komórki traktowane cytokinami w porównaniu z kontrolami, empiryczne liniowe modele Bayesa, jak zaimplementowano w pakiecie limmy dla R Bioconductor ). Te 375 genów następnie posortowano według estymat krotności zmian i wybraliśmy 250 genów z najwyższą oceną zmiany krotnie (traktowane komórki / kontrole). Dla każdego pacjenta wyniki oceny cytokin zostały następnie obliczone jako ważona średnia arytmetyczna zmian krotności PP / PN (tj. Zmiana łuszczycy / niezaangażowana skóra) wśród tych 250 genów, z większą wagą przypisaną do genów najsilniej indukowanych w keratynocytach traktowanych cytokiną . Na koniec, dla każdego pacjenta, obliczyliśmy krotność zmiany PP / PN dla GRHL3 i ustaliliśmy, czy te krotności zmiany są skorelowane z wynikami oceny cytokin u wszystkich pacjentów objętych naszą meta-kohortą (n = 163 pacjentów). Aby zapewnić, że oceny sygnatur nie były oparte na ekspresji GRHL3, we wszystkich przypadkach wyłączyliśmy GRHL3 z zestawu 250 genów, na których oparto wyniki sygnatury cytokin. Zatwierdzenie badania. Wszystkie eksperymenty na myszach zostały zatwierdzone przez UCI IACUC (homologacja nr 2001-2239). Kolekcja biopsji ludzkiej skóry została zatwierdzona przez University of Michigan Medical School IRB (numer zatwierdzenia HUM00019384), a badani uzyskali świadomą zgodę przed ich udziałem w badaniu. Dodatkowe materiały Zobacz dodatkowe dane Zobacz dodatkową tabelę Zobacz dodatkową tabelę 2 Zobacz dodatkową tabelę 3 Zobacz dodatkową tabelę 4 Zobacz dodatkową tabelę 5 Zobacz dodatkową tabelę 6 Zobacz dodatkową tabelę 7 Zobacz dodatkową tabelę 8 Podziękowania Podziękowania za tę pracę zostały udzielone przez grant NIH AR44882 i fundację Irvinga Weinsteina.
[więcej w: olej z nasion wiesiołka, numer statystyczny choroby, objaw lasequa ]