danuta świeży okulista rybnik

Oryginalne powiększenie, × 400. (D) H & E ze skóry WT i Grhl3 cKO w dniu 3 z 5% traktowania IMQ, z kontrolą albo leczeniem anty-IL-22 przed zastosowaniem IMQ. Oryginalne powiększenie, × 200. (E) Grubość naskórka w dniu 3 5% traktowania IMQ kontrolą albo leczeniem anty-IL-22 przed zastosowaniem IMQ (n = 4 [WT i Grhl3 cKO]). *** P <0,001; NS, P> 0,05. Wiązanie GRHL3 jest dynamiczne i zależne od stanu w różnicowaniu naskórka i tworzeniu bariery po uszkodzeniu naskórka. Aby zrozumieć, w jaki sposób GRHL3 reguluje tworzenie i naprawianie bariery, użyliśmy ChIP-Seq do zdefiniowania miejsc wiązania GRHL3 w całym genomie w 3 różnych warunkach: (a) embrionalne różnicowanie naskórka (tj. W E16.5), (b) 4 dni po wosku odpędzanie i (c) po 4 dniach traktowania 5% IMQ. Miejsca wiązania chromatyny GRHL3 następnie połączono z globalnymi zmianami ekspresji genów myszy z delecją Grhl3, jak określono za pomocą analizy mikromacierzy, w 3 różnych warunkach. Przeciwciało GRHL3 zastosowane w tych eksperymentach ChIP-Seq zostało uprzednio zwalidowane i użyte w ludzkich keratynocytach (35) i zostało następnie zwalidowane tutaj w serii doświadczeń na skórze myszy, wykorzystujących skórę Grhl3 cKO jako kontrolę negatywną (Supplemental Figure 8, A. RE). Zidentyfikowaliśmy 4035 (wspólne dla 2 niezależnych eksperymentów biologicznych), 4 820 (1 próbka biologiczna) i 9 294 (1 próbka biologiczna) istotnych pików GRHL3 (FDR <0,05), odpowiednio, w warunkach E16.5 skóry, usuwania wosku i IMQ (Dodatkowa figura 8E). Piki zidentyfikowane w każdym stanie wykazały silną konserwację sekwencji, jak zmierzono za pomocą Fastcons (dodatkowa Figura 8F). Nakładanie się w miejscach piku GRHL3 w 3 różnych warunkach było statystycznie oceniane przy użyciu rozkładu hipergeometrycznego (56). Zgodnie z oczekiwaniami, stwierdziliśmy istotne i znaczące nakładanie się dwóch niezależnych eksperymentów E16.5 ChIP-Seq (42%, P <1 x 10 10, Figura 6A i dodatkowa Figura 8E). W przeciwieństwie do tego, chociaż wciąż była większa niż oczekiwano przez przypadkową szansę, tylko 1,391 (28%, P <1 x 10 10) pików usuwania wosku i 1,326 (17%, P <1 x 10 10) pików IMQ było wspólny z pikami E16.5 zachodzącymi na siebie pomiędzy dwoma niezależnymi powtórzeniami (Figura 6, A i B oraz Dodatkowa Figura 8G). Podobną liczbę nakładających się pików stwierdzono, porównując pikowanie z woskiem i IMQ z pikami z indywidualnych eksperymentów E16.5 ChIP-Seq. Dlatego do późniejszej analizy wykorzystaliśmy nakładające się piki E16.5 GRHL3, zdarzenia wiążące o największej ufności. Jednakże obserwowano również silną konserwację sekwencji w stosunku do pików, które były wywoływane tylko w jednym z eksperymentów E16.5 ChIP-Seq (Suplementowa Figura 8F), co wskazuje, że zawierają one także miejsca wiązania GRHL3 z fide kości. Rysunek 6 Wiązanie genomowe GRHL3 zależy od stanu. (A) Mapa termiczna pokazująca podobieństwo pomiędzy pikami ChIP-Seq GRHL3 we wszystkich 3 eksperymentach skupionych na pojedynczym replikacie zarodkowym. Po lewej: Podobieństwo między 2 niezależnymi replikami skóry E16.5. Środek i prawo: podobieństwo między wiązaniem GRHL3 w E16.5 w porównaniu z epidermą potraktowaną IMOS (jednoskładnikowa) i traktowaną IMQ (pojedynczą). (B) Podobieństwo pików GRHL3 ChIP-Seq we wszystkich 3 eksperymentach z centrami na piki IMQ. (C = E) Rozkład genomu wiązania GRHL3 w E16.5 (C, n = 2), po zdzieraniu wosku (D, n = 1), oraz w dniu traktowania IMQ w dniu 4 (E, n = 1). (F) Frakcja pików GRHL3 ChIP-Seq ze znanymi motywami ziarniny in vitro. * P <0,05, wszystkie 3 warunki. (G) Procent pokrywania się cech genomowych (lewa, konserwacja ewolucyjna, właściwa, metylacja DNA) z pikami ChIP zawierającymi motywy PWM GRHL3 w porównaniu z motywami PWM GRHL3 obejmującymi genom (genom) [więcej w: olej z nasion wiesiołka, objawy chłoniaka, nowotwór płuc objawy ]