baczyńskiego opole

Średni wiek pacjentów wynosił 12 miesięcy. Dobrane nienowotworowe DNA krwi obwodowej uzyskano również od każdego pacjenta. Sekwencjonowanie całego egzaminu i analizę macierzy SNP przeprowadzono na wszystkich 32 parach próbek. Analiza macierzy SNP zidentyfikowała pojedynczy region ze znacząco ogniskowymi zmianami liczby kopii somatycznych (SCNA): delecje w 22q11.23, które zawierały gen SMARCB1 zidentyfikowano w 25 z 32 próbek (GISTIC2.0, nr ref. 9, q <10 50), który obejmował ogniskowe delecje w 16 przypadkach, monosomię 22 w 15 przypadkach, i obie w 6 przypadkach (Figura 1). Jedna próbka (08-262A) miała usunięcie ogniskowej linii zarodkowej. Czystość guza wahała się od 43% do 97%, więc brak dodatkowych wykrytych SCNA prawdopodobnie nie był spowodowany zanieczyszczeniem zrębu (Tabela dodatkowa 2). Figura 1SNP macierzy pierwotnych próbek RT i dopasowanego normalnego DNA. (A) Wyświetlanie zmiany liczby kopii w genomie. (B) Powiększony widok locus SMARCB1. Mutacje są nakładane na SCNA i ścieżki utraty heterozygotyczności (LOH). Próbki z ogniskowymi delecjami pokrywającymi SMARCB1 są oznaczone symbolem. @.. Próbki z monosomią 22 lub utratą heterozygotyczności w 22 są oznaczone. X. lub. +. obok przykładowej etykiety. Czerwone pole reprezentuje wyróżniony region chromosomu, w tym locus SMARCB1 pokazany poniżej. Czerwone trójkąty reprezentują centromerowe regiony chromosomu. Chr, chromosom. Następnie przeprowadziliśmy sekwencjonowanie exome DNA do średniej pokrycia 83-krotnie w 32.6 Mb docelowych regionów kodujących dla każdej próbki (Tabela dodatkowa 3). Ten poziom pokrycia spowodował. Call-stanie. exome 28,6 Mb. Wykrywanie SCNA przez sekwencjonowanie danych było zgodne z ustaleniami SNP (Supplemental Figure 1). Analiza wykazała łącznie 172 substytucje somatyczne i insercje / delecje (indele) w 32 nowotworach (Tabela i Tabela Uzupełniająca 12). Poza utratą SMARCB1, 2 nowotwory (08-114 i 09-223) nie miały wykrywalnych mutacji, a 4 nowotwory (07-057, 07-221, 08-172 i 09-131) miały tylko mutacje subklonalne (Figura 2A) . Średnia szybkość mutacji wynosiła 0,19 mutacji na Mb, przy minimum 0 i maksimum 0,45 mutacji na Mb. Ta szybkość jest, według naszej wiedzy, najniższym ze wszystkich sekwencjonowanych nowotworów, szczególnie w przypadku tak wysokiego stopnia i śmiertelnego raka (Figura 2B). Zgodnie z naszym procesem selekcji nowotworów, wszystkie nowotwory miały kombinacje mutacji SMARCB1 i / lub delecji przewidzianych do spowodowania homozygotycznej utraty funkcji (Tabela uzupełniająca 4 i Figury uzupełniające 3 i 6). Ogółem, 71,5% mutacji zostało sklasyfikowanych jako klonalne. Wszystkie 7 mutacji punktowych w SMARCB1 sklasyfikowano jako klonalne (Figura 2A i Tabela dodatkowa 5). Figura 2 Mutacje somatyczne w RT. (A) Mutacja krotności dla każdej próbki
[patrz też: glikopeptydy, olejek z wiesiołka, nowotwór wątroby ]